冻干机按系统分，由致冷系统、真空系统、加热系统、和控制系统四个主要部分组成。按结构分，由冻干箱或称干燥箱、伶凝器或称水汽凝集器、冷冻机、真空泵和阀门、电气控制元件等组成。

　　冻干机中会使用到除菌过滤器，其中添加的无菌制剂种类主要包括终灭菌的无菌制剂和非终灭菌的无菌制剂，使用冻干机生产的无菌制剂绝大多数都是非终灭菌的无菌制剂。对于非终灭菌的无菌制剂而言，制剂的无菌性保证主要依赖于生产过程中的无菌控制。

　　过滤器滤芯按照材质划分，主要有醋酸纤维素膜、硝酸纤维素膜、混合纤维素酯、聚丙烯、聚偏二氟乙烯、聚醚砜、聚酰胺等材质，所以食品用的冻干机是不用担心卫生问题的。

　　既然卫生问题不用担心，那么影响冻干机干燥过程及其冻干质量的因素，也就是一条理想的冻干曲线要受到诸如物料性质、浓度、升华面积、共晶点、热传导介质和方式、设备性能等因素的制约，但主要因素有：

　　1、升华界面的温度和水蒸汽逸出制品的能力前者主要由隔板的温度和干燥箱的压力所决定，而后者主要由升华界面的温度和箱内的水蒸汽分压所决定。

　　2、物料厚度直接影响物料的干燥时间，因为物料厚度越大，其传热传质的阻力越大，物料内部的水分就越难向外传递，所以干燥时间也就越长。

　　3、预冻温度和维持时间若预冻没有冻好，或冻结不实，在进入阶段升华干燥时，物料可能出现“沸腾”现象，或冻干后制品表面凹凸不平，影响外观；如果冷的过低，则浪费了能源和时间。预冻所需的时间要根据不同的具体条件来确定。但总的原则是，应使制品的各部分完全冻实。